Men uansett hvordan man forholder seg til dette, bør ikke vitenskapen så langt råd er søke en rent objektiv, behavioristisk og/eller fysikalistisk beskrivelse av fenomenene? Er ikke det subjektive strengt tatt irrelevant for vitenskapen, i hvert fall i den forstand at når vi har oppnådd en fullstendig, objektiv beskrivelse, så er det ikke noe mer for vitenskapen å finne ut?
Jeg må fastslå at jeg ikke har noe prinsipielt imot behaviorisme som en vitenskapelig metode, i motsetning til som en filosofisk posisjon. Behavioristisk psykologi er en fullt ut legitim gren av psykologien, og i de tilfeller der vi ikke kan ha noe håp om forståelse ev dyrets (subjektive) perspektiv, er det riktig at den forsyner seg med alt vi kan vite. Jeg godtar også at behaviorismen i det store og hele gir langt mer pålitelige resultater enn klassisk introspektiv psykologi (så meget mer ettersom denne bygger på uholdbare metafysiske forutsetninger). Men behaviorismen har ikke noe monopol på vitenskapelighet i psykologien - og langt mindre har fysikalismen det.
Selv om man godtar at all vitenskap skal bestå av rent objektive
beskrivelser, er forsøk på forståelse av dyrets opplevde verden ved
hjelp av innlevelse (empati) ikke uten heuristisk verdi. Dette kan
nemlig være et viktig hjelpemiddel til å finne ut vilke handlinger og
uttrykk som skal ses i sammenheng. Gitt de store, prinsipielle
problemer knyttet til kategorisering av atferd, og til
handlingsbegrepet overhodet, kan et slik hjelpemiddel være
uvurderlig. Konrad Lorenz sier: `Before you can study an animal, you
must first love it' (sitert i [12, s.426,]) Naturligvis ligger
det deri også en fare for at vi kan konstruere sammenhenger som ikke
fins på grunnlag av en feilaktig innlevelse - jeg skal si noe mer om
slike feller i avsnitt 
. Denne faren kan vi
imidlertid vanskelig unngå uansett hva vi gjør - vi har et valg
mellom mer eller mindre feilbarlige kriterier for å konstruere
sammenhenger, eller ingen kriterier overhodet.
Et annet poeng er at selv om kunnskap om (innlevelse i) det subjektive kunne ha vært irrelevant for vitenskapen, er det slett ikke irrelevant for oss som mennesker. Tvert imot, for vår behandling av dyr (og medmennesker) er det i høyeste grad relevant. Få vil f.eks. benekte at det er av stor betydning hvorvidt et dyr føler smerte - Bentham mente endog at dette er det eneste som har noen betydning for moral overhodet. Dermed kan vi stå i en situasjon hvor vi trenger kriterier for å avgjøre hva et dyr opplever - kriterier som vitenskapen ikke kan gi oss. Desto verre for vitenskapen!
Behaviorismen kan som sagt ikke ha monopol på vitenskapelighet. Snarere dreier det seg om én bestemt vitenskapelig innstilling eller interesse [9,49], nemlig interessen for å finne ut hvordan ting skjer (på forskjellige nivåer). En annen innstilling, som er alment anerkjent som like vitenskapelig, er den evolusjonære, der man er opptatt av å finne ut hvorfor et dyr har de og de trekk, og hva som er disse trekkenes funksjon. Studiet av intensjonalitet innebærer en tredje innstilling, nemlig interessen for å finne ut hva en bestemt handling består i, eller vilken mening den har. Kognitiv etologi er dermed en hermeneutisk disiplin, med forståelse som siktemål. Disse tre (eller flere) prosjektene er naturligvis ikke uavhengig av hverandre.
Som i andre hermeneutiske disipliner, er det i kognitiv etologi ikke
mulig å innføre noe rigid skille mellom observasjon, tolkning av
observasjoner og teoridannelse.
Våre observasjoner og fortolkninger avhenger av visse
`fordommer' vi har angående hva slags intensjoner, oppfatninger og
sjelsevner generelt dyret vi studerer har. For å kunne danne en
korrekt forståelse, er det nødvendig både med kritikk av tidligere
oppfatninger og mer uavhengige kriterier for fortolkning, gjerne
knyttet til fysiologiske og fylogeneteiske forhold.